El CBK tiene el siguiente organigrama:
| Dirección Científica | Dr. Federico V Pallardó Calatayud |
| Dirección adjunta | Dr. José Mª Millán Salvador |
| Coordinadora del Biobanco | Dra. Carmen Aguado Muñoz |
| Responsable de Laboratorio | Dr. Salvador Martí Pérez |
| Gestión Bases de Datos | Dra. Belén Mollá Moliner |
Comité de Ética. Tiene como misión garantizar el cumplimiento de los principios éticos aplicables a los proyectos de investigación biomédica que incorporen muestras de origen humano del CBK, así como del uso que se haga de las mismas. CBK se adscribe al Comité Ético de Investigación Clínica de la Dirección General de Salud Pública.
Comité Científico. Tiene como objetivo asesorar a los responsables del CBK sobre la dirección y objetivos científicos del mismo así como desarrollar los estándares de funcionamiento. Asimismo aprueba cualquier transferencia de muestras a terceras partes y asesora en la priorización de la cesión de muestras. El CBK se adscribe al Comité Científico de la RVB.
